KLF4促进肺鳞癌中KRT13+丘状样状态 [SNL_Organoids_RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE316412

标准获取流程：

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数据说明

肺鳞状细胞癌（LUSC）是肺癌的一种基底样亚型，治疗选择有限。尽管既往研究已在鳞状肿瘤中鉴定出肿瘤增殖细胞状态，但LUSC瘤内异质性的整体图景仍知之甚少。在此，我们利用Sox2驱动的小鼠模型、类器官培养和单细胞转录组分析，揭示了LUSC中此前未被认识到的细胞命运多样性水平。具体而言，我们鉴定出一个KRT13+丘状（hillock）样肿瘤细胞群体，其分裂较慢，并以免疫调节基因表达特征为特点。这种肿瘤丘状样状态在多种动物模型中保守存在，并存在于大多数人类LUSC以及头颈部鳞状肿瘤和食管鳞状肿瘤中。我们的发现揭示了肺丘状样状态的细胞起源：正常棒状细胞（club cells）产生具有管腔丘状样细胞群体的肿瘤，而基底样肿瘤增殖细胞则转变为基底丘状样状态，类似于肺损伤后的稳态细胞反应。

在机制上，我们确定KLF4是丘状状态的关键转录调控因子，它对于诱导KRT13表达既是必要的也是充分的。这些结果共同为LUSC中肿瘤内异质性的细胞命运可塑性提供了新的分子见解，为新的治疗策略提供了潜在途径。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。