胚胎干细胞因子DPPA2/4扩增非小细胞肺癌中活跃H3K4me3-H2AK119ub染色质结构域（RNA-seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE310170

标准获取流程：

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数据说明

胚胎调控因子在癌症中常被重新表达，然而其功能和分子意义并不总是被理解。表观遗传启动因子发育多能性相关因子2和4（DPPA2/4）在早期发育中具有关键作用，并与癌症发病机制相关。我们在非小细胞肺癌（NSCLC）中揭示，DPPA2/4的共表达与低分化肿瘤及患者预后不良相关。在生物化学层面，人DPPA2/4通过多聚化维持其蛋白质稳定性并增强核小体结合活性。在NSCLC细胞中，DPPA2/4结合富含CG的序列，包括发育、Wnt信号传导和分解代谢基因的启动子。染色质状态建模显示，DPPA2/4优先结合活跃的H3K4me3和H3K27ac结构域，而这些结构域有趣地也富集了PRC1及其产物H2AK119ub，并通过H3K4me3-H2AK119ub序贯ChIP得到验证。敲低实验揭示，DPPA2/4是维持这些结构域上RING1B和H2AK119ub所必需的。

令人惊讶的是，尽管存在PRC2.1，这些区域却未检测到任何H3K27me3，提示PRC2向染色质的招募与其催化产物之间存在脱偶联现象。在通常不表达DPPA2/4的NSCLC细胞中，当外源性过表达这些因子时，DPPA2/4会结合并促进活跃染色质状态，导致体内异种移植瘤生长增加。我们的结果揭示了在NSCLC细胞中，DPPA2/4如何作为活跃和预备染色质的分子放大器发挥作用。综上所述，这凸显了癌症中胚胎因子的异常再激活可能获得新功能，从而促进肿瘤发生。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。