ZNF200与DDX17互作调控RBP-J转录活性的ChIP-Seq数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE309203

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了探究ZNF200在NSCLC发生发展中的分子机制，我们在H1299细胞系中使用IgG和ZNF200抗体进行了CUT&Tag实验。基于前期的探索性实验，我们发现DDX17与ZNF200之间存在相互作用。因此，我们将DDX17-HA稳定转染至H1299细胞中，并使用IgG和ZNF200抗体进行CUT&Tag实验。随后我们发现ZNF200和DDX17均作用于RBP-J的启动子区域。因此，在H1299、H520和A549细胞的DDX17-HA稳定转染株中，我们敲低ZNF200并使用HA抗体进行CUT&Tag实验。同时，我们分别在H520和A549细胞系中敲低ZNF200和DDX17。由于H3K4me3作为一种表观遗传修饰，是基因启动子区域活跃状态的标志，通常与基因表达的激活相关，我们随后使用抗组蛋白H3K4me3抗体进行CUT&Tag实验。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。