重编程谱系特征促进癌细胞上皮行为 [ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE308846

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌细胞扭曲了基因表达的表观遗传调控，从而获得了显著的可塑性并丧失细胞类型身份。与此同时，身份不一致的谱系决定因子的表达可通过创建谱系杂合状态显著改变细胞表型。一个例子是，约半数非小细胞肺癌（NSCLC）及大多数小细胞肺癌中，编码淋巴细胞限制性转录因子Aiolos的IKZF3发生异常表达[1]。在正常淋巴细胞发育过程中，前B祖细胞进入一个依赖骨髓基质存活信号的增殖阶段。为了进展，Aiolos及其旁系同源物Ikaros（IKZF1）抑制多个黏附相关基因，使细胞从这种上皮型对固体基质的依赖中解放出来，为它们作为成熟淋巴细胞释放入循环做准备[2, 3]。在肺癌中，Aiolos的未授权表达通过抑制多个黏附相关基因，启动了从上皮状态向类淋巴细胞状态的类似转变，导致失巢凋亡抵抗及随后的转移扩散[1]。

为逆转这些淋巴样特征，我们设计了一种嵌合表观遗传编辑器，旨在特异性恢复Aiolos抑制的上皮黏附特性。在此，我们通过利用淋巴细胞发育途径，展示了上皮谱系恢复的原理验证。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。