HCC827细胞circRNA纳米孔测序及G3BP2-RIP测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE308118

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

第三代EGFR酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）如阿美替尼的获得性耐药是非小细胞肺癌（NSCLC）临床面临的一大挑战。环状RNA（circRNAs）通过反向剪接生成，在癌症生物学中具有多种功能。我们利用长读长纳米孔测序技术，对阿美替尼耐药NSCLC细胞中的全长circRNAs进行了分析，并鉴定出circRNAs中广泛存在的可变反向剪接（ABS）事件。其中，PUM1基因的外显子3是一个显著受调控的ABS外显子，与耐药细胞中的circPUM1(2)相比，其导致了circPUM1(2-3)这一上调最为显著的circRNA异构体的生成。功能研究表明，circPUM1(2-3)通过其外显子3序列与RNA结合蛋白G3BP2结合，从而促进细胞活力并抑制凋亡。这种相互作用竞争性地破坏了G3BP2与PSMA6 mRNA的结合，进而增加了PSMA6 mRNA和蛋白水平，并导致MAPK/ERK通路的激活，从而促进细胞存活。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。