多组学揭示晚期小细胞肺癌异质性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307029

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小细胞肺癌（SCLC）是一种侵袭性疾病，常在晚期才被诊断，此时手术已不再可行。免疫治疗的引入为一小部分患者带来了获益；然而，对大多数患者而言，总生存期的改善仅微乎其微。近期研究已开始揭示SCLC的分子异质性，包括肿瘤微环境。在此，我们证明了EBUS-TBNA抽吸物适用于SCLC的多组学表征，82份样本进行了甲基化谱分析（EPIC arrays），其中一部分还接受了全基因组测序（n=76）、RNAseq（n=69）和cfDNA（n=67）分析。甲基化谱分析鉴定出四个亚组，与不同的生存期（p=0.075）以及内在和外在特征相关。基因组学未鉴定出与甲基化定义亚组相关的分子特征。血液cfDNA测序检测到组织中检出的TP53和RB1点突变的92.5%（n=67）。甲基化和转录组进一步表征了各亚组的不同分子特征。

第1组肿瘤表达ASCL1，且CD8 T细胞比例高（p<0.0001），患者生存期更好（p=0.0075）。第2组规模最大，肿瘤同样表达ASCL1，但CD8 T细胞与该组内观察到的患者生存期差异无关。第3组肿瘤高表达NEUROD1（p=0.0004），且成纤维细胞比例高（p<0.0001）。第4组肿瘤表达POU2F3和/或YAP1，非神经内分泌基因表达较高（p<0.0001）。第3组和第4组患者生存期较差（p=0.0075）。甲基化定义的亚组显示SLFN11（p=0.0014）、TACSTD2（p<0.0001）、DLL3（p<0.0001）的差异表达，且与其他肺癌相比，SEZ6在大多数SCLC中表达更高（p<0.0001）。这些结果支持将其作为SCLC中潜在的新型治疗脆弱靶点。我们的结果凸显了以下需求：

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。