长非编码RNA依赖的Myc转录爆发调控 [ATAC-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306101

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基因以短暂的活动期进行转录，称为爆发。爆发由增强子-启动子接触引发，并通过增强子和启动子产生的RNA水平以负反馈机制进行动态调控。在此，通过对新生转录本的直接可视化，我们发现染色质相关的长非编码RNA（lncRNA）参与转录爆发的调控。我们发现Pvt1的产生提高了Myc原癌基因位点中RNA浓度的基线，并以局部和剂量依赖的方式发挥作用，降低Myc爆发的持续时间。Pvt1的提前终止导致更高的Myc表达和转录活性，从而在肺癌原位模型中增加细胞增殖并促进肿瘤发展。这些发现指出了lncRNA介导的Myc调控的关键机制，并提示lncRNA通过局部控制转录爆发来精细调节基因表达的可能广泛作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。