UXS1缺失选择性耗竭嘧啶并诱导KEAP1突变肺癌复制应激的RNA-seq数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE305124

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Kelch样ECH相关蛋白1（KEAP1）是非小细胞肺癌（NSCLC）中第三大常见突变基因，且与不良预后相关。在本研究中，我们探究了KEAP1突变癌细胞中的合成致死相互作用基因，并鉴定出对UDP木糖合酶1（UXS1）的依赖性——该酶在蛋白聚糖合成途径中将UDP-葡萄糖醛酸（UDP-GlcA）转化为UDP-木糖。UDP葡萄糖脱氢酶（UGDH）是NRF2的转录靶标，可将UDP-葡萄糖转化为UDP-GlcA，其在KEAP1突变肿瘤中高表达。敲低UXS1后，KEAP1突变细胞和野生型（WT）细胞中均出现UDP-木糖耗竭，而UDP-GlcA在KEAP1突变背景下积累程度更高。由此导致的可用UDP及其他嘧啶短缺减缓了S期进程并阻滞了DNA复制叉标志，使细胞发生延长的细胞周期退出或凋亡。通过敲除UGDH以防止UDP-GlcA积累和UDP耗竭，可挽救细胞对UXS1的依赖性。UXS1耗竭细胞中的DNA复制应激使其对临床细胞周期检查点抑制剂敏感。

此外，CRISPR筛选实验鉴定出调节UXS1依赖性的基因。虽然肝脏中UGDH的正常组织表达最高，但肝脏中UXS1的敲除并未导致肝毒性。综上所述，这些数据表明UXS1是KEAP1突变肿瘤中的选择性依赖基因，且UXS1的缺失在KEAP1突变肿瘤中创造了额外的治疗可利用弱点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。