组蛋白去乙酰化酶抑制剂SAHA在LUAD与LUSC中的差异转录组调控

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302469

标准获取流程：

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数据说明

背景：组蛋白去乙酰化酶（HDACs）驱动非小细胞肺癌（NSCLC）进展，但HDAC抑制剂（HDACi）的疗效因肿瘤亚型而异。我们在两种NSCLC模型中比较了泛HDAC抑制剂SAHA（伏立诺他）——HER2突变型肺腺癌（NCI-H1299；TP53del、NRASQ61K）和EGFR/PI3K驱动的鳞状细胞癌（NCI-H1703；PDGFRAamp、PIK3CAE542K）——以揭示谱系特异性机制。方法：用SAHA（10 µM，24小时）处理细胞，该剂量为临床相关剂量，在血浆中产生约1 µM游离药物。将链特异性RNA-seq比对至GRCh38.p13，并使用edgeR和DESeq2进行分析（FDR < 0.05，|Log₂FC|≥ 1）。通路、蛋白质相互作用、凋亡（Annexin V/PI）和迁移（划痕、Trans-well + 丝裂霉素C）实验补充了转录组学分析。通过GEPIA2将SAHA调控基因与TCGA-LUAD和TCGA-LUSC中的无病生存期相关联，评估临床相关性。结果：SAHA在H1299中改变了1098个基因，在H1703中改变了1532个基因，仅437个共享。在H1299中，SAHA诱导EMT和MAPK反馈基因，同时抑制干扰素/凋亡通路。在H1703中，SAHA激活补体/ECM重塑并抑制细胞周期调节因子。

II类HDAC（HDAC4/6）仅在H1703中下调。在功能上，H1703表现出更强的凋亡；H1299则表现出更强的迁移抑制。SAHA逆转的基因特征（例如LUAD中的HMMR、PLK1；LUSC中的PAPPA、SAMD11）与较差的无病生存期显著相关，从而定义了HDAC9-HMMR/PLK1和HDAC4/6-PAPPA/SAMD11轴。结论：SAHA在NSCLC中引发不同的亚型特异性转录和表型效应。这些发现凸显了遗传背景在HDACi治疗中的重要性，并支持定制联合方案——例如LUAD中SAHA与MAPK抑制剂联用，或LUSC中靶向HDAC4/6的方法——以及使用SAHA调节的生物标志物进行患者分层。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。