人类癌症先天免疫细胞克隆谱系追踪

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302113

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

先天免疫细胞构成肿瘤微环境（TME）的主要部分，在其中介导天然抗肿瘤免疫和免疫治疗反应。尽管单细胞T细胞和B细胞受体测序为人类适应性免疫的克隆动力学提供了基础性见解，但缺乏合适的工具阻碍了对先天免疫细胞进行类似分析。在此，我们开发了一种利用体细胞线粒体DNA（mtDNA）突变来重建天然人体组织中单细胞间克隆谱系关系的方法。我们联合测序了单细胞转座酶可及染色质和mtDNA，对来自早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者匹配的肿瘤、非累及肺组织（NILT）及外周血的124,958个细胞，以及来自卵巢癌患者匹配的肿瘤和外周血的93,757个细胞进行了分析。我们对数千个免疫细胞的谱系和细胞状态进行的单细胞同步分析，解析了跨细胞类型、组织部位和恶性肿瘤的克隆性。

通过解析先天免疫亚型中的克隆群体，我们证明TME驻留的髓系亚群（包括巨噬细胞和3型树突状细胞（DC3））与循环和组织浸润的单核细胞存在克隆联系。此外，我们鉴定出分别富集于肿瘤和NILT中的DC偏向性和巨噬细胞偏向性髓系克隆，并发现其循环单核细胞前体表现出不同的表观遗传特征，提示髓系分化命运可能在TME浸润之前就已预先决定。这些结果描绘了人类癌症中瘤内髓系细胞募集和分化的克隆途径，并提示肿瘤髓系区室的重塑可能在外周即已被编程。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。