黏液栓相关基因表达揭示与慢性支气管炎共享的病理生理

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302096

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

理由：黏液栓形成和慢性支气管炎是慢性阻塞性肺疾病中黏液病理的表现。识别与黏液病理相关的基因表达变化可为探究其发病机制提供线索。目的：研究有黏液栓个体的基因表达变化，识别相关生物学通路，并评估黏液栓相关基因表达是否与其他黏液病理的临床特征相关。方法：我们研究了来自“军人早期肺癌检测2”研究的290名参与者，这些参与者具有主支气管刷检批量RNA测序数据（发现集n=204，验证集n=86）。我们根据胸部计算机断层扫描中发现的黏液栓所涉及的肺段数量对黏液栓进行评分，并运用相关性分析来识别差异表达基因，并检查其与慢性支气管炎症状的关联。结果：发现集中有76名参与者（37%）存在黏液栓。差异表达基因广泛与上皮或免疫相关。

上皮相关基因显示，参与纤毛维持和微管功能的基因表达降低，而与黏液产生和分泌相关的基因表达增加。上皮相关基因的表达模式与慢性支气管炎症状相关。免疫相关基因富集于固有免疫和适应性免疫通路。免疫基因的表达随肺功能而变化，并且与黏液栓的关联弱于上皮相关基因。这些发现在一个独立验证集中得到重复。结论：几种不同的基因表达模式与黏液栓的存在相关，突出了参与黏液病理生理学的生物学通路。基因表达的变异性表明，黏液病理生理学的谱系参与了黏液栓和慢性支气管炎症状的发生。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。