肺癌中新型核苷类似物RX-3117耐药机制研究：DNA修复、细胞周期失调及靶向PKMYT1

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE300920

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数据说明

背景。核苷类似物在治疗非小细胞肺癌（NSCLC）中至关重要，但耐药性阻碍了患者的治疗结局。RX-3117——一种胞苷类似物——在吉西他滨耐药的癌症中显示出前景，然而对该药物获得性耐药的机制仍未被探索。本研究通过利用新的临床前模型和前沿基因组工具，包括全基因组CRISPR-Cas9敲除筛选和转录组学，对RX-3117耐药机制进行了全面研究。方法。将NSCLC细胞系A549和SW1573暴露于逐步递增浓度的RX-3117中，以建立稳定的耐药亚克隆，并通过SRB和克隆形成实验予以确认。通过LC/MS-MS测定细胞内RX-3117核苷酸水平，进而通过Western blot和siRNA评估并调控关键代谢酶的表达。CRISPR-Cas9筛选鉴定了其缺失可增加RX-3117敏感性的基因，而RNA测序及差异表达分析揭示了耐药相关通路，并通过细胞周期分布、敲除和ELISA实验进一步研究。结果。

耐药克隆中RX-3117核苷酸的蓄积减少，然而这与活化酶（UCK2、UMPK、CMPK、NME1/NDPK、RR1和RR2）表达降低无关。相反，某些DNA修复和失活酶（NT5C3）的表达升高，但对后者的药理抑制和沉默并未逆转耐药性。值得注意的是，采用CRISPR-Cas9筛选的综合方法突显了DNA修复和细胞周期决定因素作为关键致敏基因。XL-PCR和RNA测序证实了DNA修复及细胞周期调控相关通路的异常。基因敲除和药理抑制验证了PKMYT1的作用，该蛋白激酶参与G2/M转换和基因组稳定性。RX-3117耐药的A549细胞对PKMYT1抑制剂表现出增强的敏感性

数据加载示例（图像类）

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import glob, os

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       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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