小鼠Trim24-Ret细胞系TR.1中selpercatinib与pralsetinib急慢性体外处理后的基因表达变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE298990

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

TKIs药物selpercatinib和pralsetinib是RET阳性肺癌患者的一线疗法。多数患者表现出治疗反应，但最终会发生治疗失败。为了研究RET+肺癌的获得性耐药，我们利用一种新型小鼠肺癌细胞系，该细胞系是通过向C57BL/6小鼠气管内注射含有Cas9及针对Trim24和Ret基因的引导RNA的腺病毒而产生的。这诱导了基因重排，产生了Trim24-Ret融合基因并导致肺部肿瘤的发展。从生成的肺部肿瘤中衍生出了一种细胞系TR.1。为了了解TR.1细胞对selpercatinib和pralsetinib的响应方式，我们在体外用100nM的selpercatinib或DMSO对照处理TR.1细胞1-5天。此外，通过已建立的体外剂量递增方法，使TR.1细胞对selpercatinib和pralsetinib产生耐药性，直至培养物对约500nM TKI耐药。在同一时间段内，将TR.1细胞培养于0.1% DMSO中作为对照。在每个时间点或条件下，提取RNA并进行批量RNA测序。

这些数据将有助于更深入地理解RET融合阳性患者中获得性耐药的中介机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。