NOTCH2缺失在SCLC中造成TRIM28依赖性脆弱性 [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE297358

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小细胞肺癌（SCLC）是一种高度侵袭性的恶性肿瘤，缺乏有效的靶向治疗，部分原因是肿瘤抑制基因频繁发生功能缺失突变以及缺乏反复出现的致癌驱动因素。约15%的SCLC携带NOTCH1或NOTCH2的失活突变，且大多数神经内分泌高表达的SCLC表现出低NOTCH活性。在来源于NOTCH1/2同基因SCLC基因工程小鼠模型的原代细胞系中进行CRISPR/Cas9筛选，我们将TRIM28鉴定为NOTCH2失活SCLC中的合成致死依赖性基因。在此背景下，TRIM28的缺失强烈诱导内源性逆转录病毒的表达，激活病毒感知通路，并触发I型干扰素应答。机制上，NOTCH2失活增加了对TRIM28介导的ERV沉默的依赖，通过STING–MAVS–TBK1轴形成对TRIM28的过度依赖。值得注意的是，TRIM28仅在NOTCH2缺失的情况下对肿瘤生长至关重要。这些发现将TRIM28确定为NOTCH2缺陷或低NOTCH2表达SCLC的潜在治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。