USP22去泛素化酶缺失介导小细胞肺癌化疗耐药 [CUT&Tag]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE296258

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小细胞肺癌（SCLC）对细胞毒性化疗反应极佳。然而，化疗耐药性疾病的出现导致快速复发，并伴随不良的治疗结局。为了解SCLC化疗耐药的遗传基础，我们对患者来源异种移植（PDX）模型应用了体内CRISPR缺失筛选。筛选的主要命中基因包括编码转录共激活因子SAGA（Spt-Ada-Gcn5乙酰转移酶）复合体组分的基因。我们证明，在两个化疗敏感的PDX模型中，SAGA去泛素化酶USP22的缺失赋予了对顺铂/依托泊苷的耐药性，而在携带USP22纯合截短突变的PDX模型中恢复其表达可使肿瘤对化疗重新敏感。USP22缺失增加了编码神经元分化关键调控因子的基因中基因体组蛋白H2A-K119单泛素化，并抑制了神经和神经内分泌基因表达，包括ASCL1的靶基因。USP22缺失后的化疗耐药反映了DNA损伤驱动的磷酸化事件和细胞凋亡的减弱，同时伴有糖酵解和缺氧相关基因表达的增加。

糖酵解程序上调可能反映了一种可靶向的脆弱性，因为抑制GLUT1可使USP22缺失肿瘤对化疗重新敏感。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。