I型干扰素启动信号平衡肺泡巨噬细胞抗细菌与抗肿瘤训练免疫 [ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE295482

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

组织驻留巨噬细胞可能被训练以增强对异源再刺激的应答，从而促进针对感染和肿瘤的多功能训练免疫（TI）。然而，促成训练后巨噬细胞这种功能多样性的关键致敏信号仍未完全阐明。本研究表明，小鼠甲型流感病毒（IAV）感染可在肺驻留肺泡巨噬细胞（AMs）中诱导急性I型干扰素（IFN-I）信号的持久转录印记，从而赋予平衡的抗细菌和抗肿瘤TI应答。在IAV感染小鼠和体外细胞因子介导的训练系统中，均发现IFN-I信号对发展抗肿瘤TI功能至关重要，尽管其在AMs中限制了抗细菌TI功能。此外，携带IFN-I信号转录印记的人AMs与肺癌组织中的抗肿瘤免疫和免疫激活相关。我们的发现凸显IFN-I是AMs发展具有平衡抗细菌和抗肿瘤潜力的多功能TI功能所必需的关键致敏信号。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。