Polycomb蛋白EED限制SCLC神经内分泌表型并驱动肺癌组织学转化 [Bulk RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE293599

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺癌由不同的组织学亚型组成，包括肺腺癌（LUAD）和小细胞肺癌（SCLC）。尽管肺癌的组织学亚型通常相互排斥，但患者可呈现肺腺癌与小细胞肺癌混合组织学的肿瘤。此外，肺腺癌可通过谱系可塑性在组织学上转化为小细胞肺癌，作为靶向治疗耐药的一种机制，这最常发生在接受EGFR抑制剂治疗后同时伴有RB1和TP53失活的EGFR突变型肺腺癌中。促进肺腺癌向小细胞肺癌组织学转化的机制尚不清楚。在肺腺癌向小细胞肺癌组织学转化过程中，与PRC2活性相关的基因表达增加，但PRC2是否是肺癌组织学转化的致病驱动因素尚不明确。为了研究PRC2复合物在小细胞肺癌肿瘤发生中的作用，我们使用基于CRISPR的体细胞基因编辑技术，通过失活EED（PRC2的核心支架亚基）构建了PRC2缺陷的小细胞肺癌基因工程小鼠模型（GEMMs）。

值得注意的是，EED失活通过一个中间性的NEUROD1阳性/NCAM阳性细胞状态，导致了从ASCL1阳性SCLC向LUAD的完全组织学转化。在机制上，SCLC向LUAD的组织学转化始于PRC2失活解除对同时带有H3K27me3和H3K4me3标记的二价基因的抑制，这些基因包括RAS、PI3K和MAPK通路基因以及NEUROD1。最后，我们构建了一个同时伴有RB1和TP53失活的EGFR突变LUAD GEMM模型，在该模型中，EGFR抑制可促进SCLC转化和转移表型；而这两者均可被EED失活完全消除。总之，这些发现表明PRC2复合物是驱动ASCL1阳性神经内分泌SCLC所必需的，其缺失会促进LUAD表型，从而提示抑制PRC2可作为阻止SCLC转化的治疗策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。