跨物种单细胞肾脏图谱中个体患者通路协调性分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE291551

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

单细胞RNA测序在临床和转化研究中的应用受到跨物种差异以及识别个体患者中细胞类型特异性、可靶向分子变化这一挑战的限制。在此，我们构建了一个整合单细胞肾脏图谱，涵盖来自140个样本的超过一百万个细胞，定义了人类和啮齿动物模型中70多种保守的细胞状态。我们开发了CellSpectra，一种量化细胞功能间基因表达协调性变化的计算工具，并将其应用于肾脏和肺癌数据。该工具支撑了我们的患者层面单细胞功能谱分析报告，该报告突出显示了个体中通路基因表达协调性的细胞类型特异性变化。我们的跨物种图谱有助于选择与患者样本中观察到的细胞和通路层面特征高度吻合的啮齿动物模型，推动单细胞方法在临床精准医学中的应用。最后，通过使用实验模型，我们展示了我们的信息学方法如何应用于潜在的治疗药物选择。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。