肺癌中多胺生物合成通路的表观遗传调控纠正T细胞功能障碍以增强抗肿瘤免疫 [ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE287798

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

T细胞耗竭（TEX）是癌症免疫治疗的一个关键靶点。然而，一旦T细胞转变为终末耗竭状态，它们对免疫检查点抑制剂的反应性就会降低。在此，我们采用表观遗传药物筛选，发现BET抑制剂（BETis）能够增强肺癌患者恶性胸腔积液中原代耗竭T细胞的效应功能。转录组学、代谢组学和ATAC-seq分析表明，BETis通过激活多胺生物合成途径、扩大细胞内多胺池以及改变染色质可及性来重振TEX。对该途径中的关键酶鸟氨酸脱羧酶（ODC）进行遗传学和药理学抑制，可消除BETi介导的免疫增强作用。单细胞RNA-seq显示，BETis通过激活MYC-ODC轴减少终末TEX，同时促进祖细胞TEX。在同系肺癌模型中，BETi治疗或过继转移经BETi处理的T细胞可抑制恶性胸腔积液的形成。

这些发现突显了一种通过表观遗传-代谢途径增强TEX可塑性的方法，并为新型癌症免疫疗法提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。