NRF2不依赖CBP/p300增强的谷胱甘肽合成支持非小细胞肺癌生长 [shNRF2_PROseq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE282300

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

核因子红细胞2相关因子2（NRF2）是一种应激反应性转录因子，在一部分（约25%）临床侵袭性非小细胞肺癌（NSCLC）中因突变而被激活。驱动NRF2依赖性的机制目前仍知之甚少。在此，我们定义了一组与癌细胞系中NRF2依赖性相关的新型NRF2靶基因集，并观察到其中相当一部分基因缺乏启动子近端的NRF2。通过整合基因组分析，我们表征了广泛的NRF2依赖性增强子RNA（eRNA）合成以及NRF2介导的H3K27ac在调控这些基因的近端和远端增强子区域的沉积。虽然CBP/p300是NRF2经过充分验证的直接相互作用伙伴，并在增强子处具有显著功能，但我们报告这种相互作用并非NRF2依赖性NSCLC细胞生长所必需，这表明NRF2在缺乏CBP/p300共激活的情况下仍能维持足够的转录活性。广泛的代谢谱分析确立了CBP/p300在NRF2依赖性谷胱甘肽及谷胱甘肽相关代谢物积累中的主要作用。

虽然通过增强谷胱甘肽生成来维持氧化还原稳态通常与NRF2的正常生理作用相关，但我们的结果综合表明，依赖NRF2的癌细胞生长并不需要这种增强的谷胱甘肽生成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。