HBO1与MLL1复合物协同抑癌的表观基因组调控因子功能图谱（bulk ATAC-seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE281967

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

表观遗传失调在癌症中普遍存在。然而，驱动癌症表型的具体表观遗传调控因子及其所控制的过程仍知之甚少。我们采用一种新颖、可扩展且高通量的体内方法，对自体致癌KRAS驱动的肺肿瘤中超过250个表观遗传调控因子进行了迭代功能筛选。我们鉴定出许多此前未被认识的表观遗传抑癌基因和肿瘤依赖基因。我们发现，特定的HBO1复合物和MLL1复合物是肺癌中影响最大的抑癌表观遗传调控因子。HBO1复合物产生的组蛋白修饰在人肺腺癌中频繁降低。HBO1和MLL1复合物调控共享基因组区域的染色质可及性、谱系保真性以及经典抑癌基因的表达。HBO1和MLL1复合物在肺肿瘤发生中呈上位效应，且其功能相关性在人癌细胞系中保守。总之，这些结果提供了肺肿瘤发生体内表观遗传调控因子的表型路线图。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。