基底细胞起源解析癌症神经内分泌-簇状谱系可塑性[单细胞RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE279200

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

神经内分泌细胞和簇细胞是罕见的化学感受性上皮谱系，分别由ASCL1和POU2F3转录因子的表达所定义。神经内分泌癌，包括小细胞肺癌（SCLC），常表现出簇细胞样亚群，这一特征与患者预后不良相关。驱动神经内分泌-簇细胞肿瘤异质性的机制以及簇细胞样癌症的起源尚不清楚。利用多种基因工程SCLC动物模型，我们证明基底细胞起源（而非公认的神经内分泌起源）可产生高度再现人类SCLC的神经内分泌-簇细胞样肿瘤。对基底细胞来源SCLC的单细胞克隆分析进一步揭示了神经内分泌-簇细胞可塑性背后意想不到的转录状态和谱系轨迹。独特的是，在基底细胞中，引入富集于人类簇细胞样SCLC的遗传改变，包括高MYC、PTEN缺失和ASCL1抑制，可协同促进簇细胞样肿瘤的形成。

944例人小细胞肺癌（SCLC）的转录组学分析揭示了一个基底样亚群和一个簇状-离子细胞样状态，二者共同表明癌症状态与正常基底细胞损伤应答机制之间存在显著保守性。综合这些数据提示，基底细胞可能是SCLC及其他神经内分泌-簇状细胞癌的合理起源，这能够解释神经内分泌-簇状细胞的异质性——为靶向谱系可塑性提供了新见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。