非小细胞肺癌患者血浆游离DNA甲基化谱

资源简介

非小细胞肺癌患者血浆游离DNA甲基化谱

GSE277078 数据集收录了非小细胞肺癌（NSCLC）患者血浆游离DNA的甲基化谱信息，源站标题为“Plasma cell-free DNA methylation profile of patients with non-small cell lung cancer (NSCLC)”。该数据集采用 Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip 芯片，对185份游离DNA样本进行全基因组DNA甲基化分析，属于肿瘤/肺癌分类下的甲基化谱数据，由 Yae、Kanai 提交，发布时间为 Sep 12 202。数据集以芯片甲基化谱分析为主题，涉及 GPL21145 平台与物种编号 9606，源站提供的数据文件为 GSE277078_series_matrix.txt.gz。

【数据集背景】

非小细胞肺癌是肺癌的主要类型之一，血浆游离DNA中的甲基化改变是液体活检研究中受到关注的一类分子信息。该数据集正是围绕非小细胞肺癌患者血浆游离DNA的甲基化谱展开，旨在通过芯片手段获取全基因组范围的DNA甲基化数据。源站将其归类于肿瘤/肺癌方向，主题标签为甲基化谱芯片分析，平台编号 GPL21145，物种编号 9606，说明其研究对象为人源样本。数据集的发布时间记录为 Sep 12 202，作者为 Yae、Kanai，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据内容】

数据集的核心内容是非小细胞肺癌患者血浆游离DNA的甲基化谱。源站描述指出，该分析使用 Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip 对185份游离DNA样本进行全基因组DNA甲基化分析。数据集文件数量为1，文件样例为 GSE277078_series_matrix.txt.gz，即以 GZIP 压缩形式提供的系列矩阵文件。主题标签包括 Methylation profiling by array、GPL21145 与 9606，分别对应芯片甲基化谱分析、芯片平台标识与物种标识。除上述信息外，样本的具体临床分组、甲基化位点数量、覆盖范围等细节源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题与数据集英文名一致，均为“Plasma cell-free DNA methylation profile of patients with non-small cell lung cancer (NSCLC)”。样本类型为血浆游离DNA，检测平台为 Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip，样本规模为185份。数据由 Yae、Kanai 提交，发布时间为 Sep 12 202。关于样本采集地点、采集时间跨度、伦理审批信息以及患者纳入排除标准等内容，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于非小细胞肺癌血浆游离DNA甲基化谱的探索性分析，例如在全基因组甲基化层面考察游离DNA的甲基化模式，或作为芯片甲基化数据分析流程的输入数据。由于其主题标签为甲基化谱芯片分析，也适合用于与芯片甲基化数据处理、特征筛选和样本层面比较相关的方法学研究。需要说明的是，具体的研究用途与结论应由使用者结合自身分析目的判断，源站未提供针对特定应用场景的说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE277078_series_matrix.txt.gz，该文件为 GZIP 压缩包格式。读取时应按文件格式进行解压与解析，并建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入后续分析流程。由于数据集仅提供一个系列矩阵文件，使用时应以该文件为主要数据入口，结合芯片平台标识 GPL21145 理解数据所对应的平台背景。关于具体的读取函数、预处理步骤与归一化方法，源站未提供。

【质量与限制】

数据集提供了185份游离DNA样本的芯片甲基化谱数据，样本规模与平台信息明确。但源站未提供数据质量评估指标、缺失值情况、批次信息以及样本的临床注释细节，因此在使用前需自行核对数据完整性与字段含义。此外，数据集文件数量为1，仅包含系列矩阵文件，是否包含原始芯片数据或其他辅助文件源站未提供。发布时间记录为 Sep 12 202，年份信息不完整，引用时需注意。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Yae、Kanai，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名为 GSE277078。使用时应按照来源站的要求进行引用与署名。关于该数据集的具体许可条款、使用限制与再分发规定，源站未提供。