肺癌与肺转移瘤微环境的单细胞时间动态图谱

资源简介

肺癌与肺转移瘤微环境的单细胞时间动态图谱

该数据集聚焦于肺癌模型与肺转移模型肿瘤微环境的单细胞转录组时序变化，英文全称为 GSE276180: Single-cell temporal landscape of tumor microenvironment of lung cancer and lung metastases。研究针对肿瘤微环境中的免疫与非免疫细胞群体，在四个时间点开展单细胞RNA测序，并对CD45阳性与CD45阴性细胞按1:1比例混合后进行测序，以同时捕获免疫细胞与肿瘤/基质细胞的信息。数据集归属于肿瘤/肺癌分类，来源于 ncbi.nlm.nih.gov，包含1个数据文件，样例文件为 GSE276180_series_matrix.txt.gz，作者为 Huijuan，Wu，发布时间为 Sep 02 202。整体上，该数据集为研究肺癌原发灶与肺转移灶微环境随时间的动态演变提供了单细胞层面的表达谱资源。

【数据集背景】

肺癌及其肺转移过程中的肿瘤微环境具有高度异质性和动态变化特征。理解免疫细胞、肿瘤细胞及其他微环境组分在疾病进展不同阶段的组成与状态变化，对于揭示转移机制和发现潜在干预靶点具有重要意义。该数据集以肺癌模型和肺转移模型为对象，通过单细胞RNA测序在多个时间点刻画肿瘤微环境的时序图谱，主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL21103 和 10090，提示其采用高通量测序平台并涉及小鼠相关样本。

【数据内容】

数据集的核心内容为四个时间点的单细胞RNA测序数据，覆盖肺癌模型与肺转移模型的肿瘤微环境。测序样本对CD45+与CD45-细胞按1:1比例进行混合，从而在同一实验中兼顾免疫细胞与非免疫细胞（如肿瘤细胞、基质细胞等）的转录组信息。数据以表达谱形式呈现，可用于比较不同时间点、不同模型之间细胞组成和基因表达的变化。数据集包含1个文件，样例文件名为 GSE276180_series_matrix.txt.gz，属于GZIP压缩格式。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Single-cell temporal landscape of tumor microenvironment of lung cancer and lung metastases。作者为 Huijuan，Wu，发布时间为 Sep 02 202。样本涉及肺癌模型和肺转移模型，并在四个时间点采集。测序策略为单细胞RNA测序，针对CD45+和CD45-细胞按1:1比例进行。平台信息以 GPL21103 标注，物种相关标签为 10090。除上述信息外，源站未提供更详细的样本处理、建库或测序深度等实验细节。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤微环境时序动态研究，尤其是肺癌原发灶与肺转移灶之间免疫细胞和非免疫细胞组成差异的比较分析。可用于探索不同时间点CD45+与CD45-细胞群体的转录组变化，识别与转移相关的细胞状态或表达特征。也可作为单细胞数据分析流程的输入，用于细胞聚类、细胞类型注释、差异表达分析以及细胞通讯等下游分析。此外，该数据可用于方法学验证或与其他肺癌单细胞数据集进行整合比较。具体适用性需结合数据实际质量和实验设计判断。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE276180_series_matrix.txt.gz。该文件为GZIP压缩包，需按相应格式解压和读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认数据结构和注释信息无误后，再批量接入分析流程。由于文件为系列矩阵格式，通常包含表达矩阵及样本注释信息，可结合单细胞分析工具进行读取和预处理。分析时应关注CD45+与CD45-细胞的比例设计以及四个时间点的分组信息，以便正确构建比较组。源站未提供具体的分析代码或参数建议。

【质量与限制】

该数据集仅包含1个文件，数据规模相对有限，可能限制某些高维或深度分析。四个时间点的设计有助于时序比较，但源站未提供每个时间点的重复数、细胞数量、测序深度及质控指标，因此无法评估数据的技术质量。CD45+与CD45-按1:1混合测序可能影响特定细胞类型的捕获比例，分析时需考虑该设计带来的偏差。此外，源站未提供详细的实验方案、批次信息及数据预处理步骤，使用者在解释结果时需谨慎。总体而言，该数据集可作为探索性研究的资源，但结论的稳健性需结合更多独立数据验证。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Huijuan，Wu，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，发布时间为 Sep 02 202。使用时应遵循源站的引用规范和数据使用政策。源站未提供具体的许可条款、引用格式或使用限制说明，建议用户访问源站页面获取最新的引用与许可信息。在发表基于该数据集的研究成果时，应按照源站要求进行致谢和引用。除上述信息外，源站未提供其他关于版权或数据共享的说明。