社区暴力暴露对肺肿瘤GR信号的影响 [空间转录组学]
该数据集来自NCBI GEO(GSE268049),聚焦社区暴力暴露对肺肿瘤中糖皮质激素受体(GR)信号的影响。研究针对芝加哥高度隔离城市中黑人男性肺癌发病率高于白人男性的差异,结合空间转录组学与CUT & RUN技术,检测肺肿瘤样本中GR与染色质的结合及其与GR靶基因表达水平、邮编级别居住社区暴力
![GSE268049: The effect of exposure to neighborhood violence on GR signaling in lung tumors [Spatial Transcriptomics]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/230494.jpg)
基本信息
资源简介
社区暴力暴露对肺肿瘤GR信号的影响 [空间转录组学]
The effect of exposure to neighborhood violence on GR signaling in lung tumors [Spatial Transcriptomics]
该数据集来自NCBI GEO(GSE268049),聚焦社区暴力暴露对肺肿瘤中糖皮质激素受体(GR)信号的影响。研究针对芝加哥高度隔离城市中黑人男性肺癌发病率高于白人男性的差异,结合空间转录组学与CUT & RUN技术,检测肺肿瘤样本中GR与染色质的结合及其与GR靶基因表达水平、邮编级别居住社区暴力的关系。数据包含1个文件(GSE268049_series_matrix.txt.gz),可用于探索社会压力暴露与肿瘤基因表达关联的分析(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:May 21 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):尽管吸烟率和吸烟强度较低,黑人男性肺癌发病率仍高于白人男性。肺癌的种族差异在高度隔离的城市芝加哥尤为明显。社区条件,尤其是社会压力,可能在肺肿瘤发生中起作用。初步研究表明,居住在暴力犯罪率较高社区的黑人男性头发皮质醇水平显著更高,而头发皮质醇是应激反应的指标。为探究社会压力暴露与肺肿瘤基因表达之间的关系,我们研究了肺肿瘤样本中糖皮质激素受体(GR)结合与GR靶基因表达水平及邮编级别居住社区暴力的关系。研究使用了空间转录组学和一种称为CUT & RUN的ChIP测序版本。GR向染色质的募集……
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:GPL24676、9606。本站分类:肿瘤/肺癌。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268049
【使用注意】
· 源站最后修改于 Jul 11 202,引用时请注意版本时效。
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pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
尽管黑人男性的吸烟率和吸烟强度较低,但与白人男性相比,其肺癌发病率更高。肺癌中的种族差异在芝加哥这一高度隔离的城市尤为明显。邻里条件,尤其是社会压力,可能在肺肿瘤发生中发挥作用。初步研究表明,居住在暴力犯罪率较高社区的黑人男性,其头发皮质醇水平显著更高,而头发皮质醇是应激反应的指标。为探究社会压力暴露与肺肿瘤基因表达之间的关系,我们研究了肺肿瘤样本中糖皮质激素受体(GR)的结合情况,并将其与GR靶基因表达水平及邮政编码级别的居住社区暴力相关联。研究采用了空间转录组学和一种名为CUT & RUN的ChIP测序技术。GR向染色质的募集与社区暴力犯罪率相关,且总体GR结合随社区暴力犯罪率升高而增加。在居住于高暴力社区的患者的肿瘤样本中,与邻近正常肺组织相比,GR结合位点较少。
居住在低暴力社区的患者则呈现相反情况,其肿瘤样本相比正常肺组织具有更多的GR结合位点。居住在高暴力社区患者的肿瘤样本显示,GR向与更高肿瘤侵袭性相关基因的募集增加。我们的研究结果表明,暴露于社区暴力可能通过重编程GR募集来影响肿瘤生物学。在诸如高暴力等社会压力增加的社区优先开展肺癌筛查,可能减少肺癌中的种族差异。
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