间质性肺炎来源肺鳞癌空间转录组分析揭示肿瘤异质性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268015

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

间质性肺炎（IP）是一种难治性疾病，可导致肺部间质发生严重炎症和纤维化，且常在治疗过程中发展为肺癌（LC）。既往研究表明，合并IP的LC预后较不合并IP的LC更差。因此，深入了解此类肿瘤的异质性至关重要。在本研究中，我们对起源于IP的鳞状细胞癌进行了空间转录组分析。结果提示糖皮质激素受体通路参与治疗耐药。对来自IP患者的鳞状细胞癌标本进行免疫染色显示，肿瘤以不同程度表达NR3C1。此外，较高的NR3C1表达水平与复发风险显著增加相关。我们的结果指向一种新的肺鳞状细胞癌亚型。进一步分析与该亚型相关的分子机制可能有助于开发新的诊断标准和治疗方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。