IRG1/itaconate 轴经磷酸戊糖途径调控肺肿瘤微环境 [sav24]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE256041

标准获取流程：

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数据说明

肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）是肺肿瘤微环境（TME）中免疫微环境的重要组成部分，兼具促肿瘤和抑肿瘤功能。然而，TAMs介导抑制肿瘤发展的确切机制仍不清楚。衣康酸是酶免疫反应基因1（IRG1）在促炎反应过程中产生的主要代谢物之一。单细胞RNA测序研究表明，巨噬细胞是人和小鼠肺部肿瘤中Irg1表达的主要免疫细胞。Irg1缺陷小鼠以及移植Irg1缺失骨髓均在Kras和原位小鼠模型中导致肺肿瘤发展增加，提示Irg1相关巨噬细胞具有抗肿瘤功能。另一方面，4-辛基衣康酸（octyl-Ita）在体外肺癌细胞系、体内肺癌模型以及使用人肿瘤精密切割肺切片的离体实验中均减少肺肿瘤发展。在机制上，IRG1/衣康酸诱导癌细胞和促肿瘤巨噬细胞发生代谢转变，具体通过抑制磷酸戊糖途径（PPP）实现。

通过代谢组学、转录组学和蛋白质组学的整合分析，确定葡萄糖-6-磷酸脱氢酶（G6PD）是IRG1/衣康酸抗增殖作用的主要靶点。在Irg1缺陷小鼠和辛基衣康酸（Octyl Ita）处理的肺癌模型中，IRG1/衣康酸抑制G6PD活性而不影响G6PD表达。IRG1/衣康酸和辛基衣康酸对G6PD活性和PPP代谢的新型抑制作用，不仅能以非细胞自主方式抑制癌细胞增殖，还能以细胞自主方式将促肿瘤巨噬细胞重编程为抗肿瘤巨噬细胞。我们的结果表明，辛基衣康酸是一种有效的抗肿瘤代谢物，在肺癌中具有潜在的治疗应用价值。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。