对肿瘤细胞有反应性与无反应性TILs的基因表达差异

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE252437

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的临床意义已在多种肿瘤类型中得到证实。在临床试验中，免疫检查点抑制剂在黑色素瘤、膀胱癌和吸烟诱导的肺癌等高突变负荷的某些肿瘤类型中显示出显著的临床疗效，而在乳腺癌等突变率较低的癌症中效果甚微。近期，自体突变特异性TILs的筛选与过继转移在一位雌激素受体阳性乳腺癌患者中成功实现了转移性肿瘤的消退。在本研究中，我们分析了培养的TILs中对自体乳腺癌细胞有反应性或无反应性的基因表达谱。我们培养了来自手术获取的乳腺肿瘤组织的TILs和癌细胞。TILs对癌细胞的反应性通过TILs与癌细胞共培养24小时后的干扰素γ（IFN-γ）ELISA分析来确定。使用RNeasy试剂盒从培养的TILs（REP后TILs）中纯化总RNA。基因表达文库通过Illumina TruSeq RNA文库制备试剂盒生成并进行测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。