Nono通过介导Gadd45b诱导刺激DNA损伤应答[RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE250301

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA结合蛋白（RBPs）在癌症中经常失调，并作为DNA损伤反应（DDR）的效应分子出现。含非POU结构域的八聚体结合蛋白NONO/p54nrb是一种多功能RBP，在未受扰动的细胞中调节mRNA的生成和加工，但也促进DNA双链断裂（DSBs）的修复。在此，我们研究了在小鼠细胞肺癌模型KP（KRasG12D，Trp53-/-）中Nono缺失的影响。我们发现Nono的缺失损害了对拓扑异构酶-II抑制剂依托泊苷诱导的DSBs的反应。Nono缺陷的KP（KPN）细胞表现出DSB信号传导的持续激活和DSBs数量的增加。DDR中的缺陷伴随着RNAPII启动子占据减少、DNA-RNA杂交体（R环）水平升高以及DDR因子生长停滞和DNA损伤诱导型beta（Gadd45b）诱导减弱。我们的数据表明，Nono介导的DDR与RNA代谢之间的基因组保护性串扰。

我们的数据将Gadd45b定性为推测的Nono依赖性DDR效应器，并提示Nono通过诱导Gadd45b介导DDR与RNA代谢之间的基因组保护性交流。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。