LDOC1 / H2Bub1 轴调控的转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE246303

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

组蛋白H2B第120位赖氨酸的单泛素化（H2Bub1）是重要的表观遗传标记之一，主要通过影响特定基因集的转录，调控多种细胞过程，包括免疫、干细胞分化、肿瘤发生及DNA损伤应答。环指蛋白40（RNF40）及其旁系同源物RNF20形成稳定的E3连接酶异二聚体，是负责H2B单泛素化的主要酶复合物。在非小细胞肺癌（NSCLC）早期阶段已观察到H2Bub1的失调。然而，NSCLC患者中H2Bub1水平异常的潜在调控机制及其对转移和化疗反应的影响仍未阐明。我们发现LDOC1在NSCLC A549细胞中与RNF40相关联。在本研究中，我们探讨LDOC1在涉及H2Bub1的NSCLC表观基因组及侵袭性中的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。