肺肿瘤浸润性Treg转录谱与免疫检查点阻断应答相关研究（小鼠）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE235602

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

调节性T细胞（Treg）传统上被认为抑制内源性和治疗诱导的抗肿瘤免疫；然而，其在调节免疫检查点阻断（ICB）应答中的作用尚不清楚。在本研究中，我们整合了来自抗PD-1治疗和未治疗的非小细胞肺癌（NSCLC）中超过73,000个肿瘤浸润Treg（TIL-Treg）的单细胞RNAseq/TCRseq数据，并结合了来自小鼠肿瘤模型的肿瘤相关抗原（TAA）特异性Treg的单细胞分析。我们鉴定了10个人类TIL-Treg亚群，其中大多数与小鼠TIL-Treg亚群高度一致。值得注意的是，仅有一个亚群选择性高表达OX40和GITR，其与同源配体结合后介导增殖程序和NF-kB激活，以及多个参与Treg抑制功能的基因，包括LAG3。在功能上，OX40hiGITRhi亚群体外抑制活性最强，且其在总TIL-Treg中比例较高与PD-1阻断耐药相关。

令人惊讶的是，在小鼠肿瘤模型中，我们发现几乎所有表达肿瘤相关抗原（TAA）特异性T细胞受体的肿瘤浸润淋巴细胞中的调节性T细胞（TIL-Treg），在进入肿瘤后的两周内完全发展出独特的Th1样特征，下调FoxP3并上调TBX21（Tbet）、IFNγ及某些促炎性颗粒酶的表达。将小鼠TAA特异性Th1样Treg亚群的基因评分通过迁移学习应用于人类单细胞数据集，揭示出一个高度相似的亚簇，该亚簇在抗PD-1应答肿瘤中富集。这些发现表明，TIL-Treg可划分为多个转录水平上不同的亚群，这些亚群对免疫检查点阻断（ICB）诱导的抗肿瘤免疫可能具有相反的作用，并提示TAA特异性TIL-Treg可能对抗肿瘤应答产生积极贡献。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。