肺癌骨转移转录组图谱

该数据集为肺癌骨转移的转录组分析数据,包含原发灶与转移灶的基因表达谱,基于高通量测序平台GPL24676(人类9606)产生

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基因组分类GPL246769606
GSE225208: Transcriptome profiling of lung cancer bone metastasis

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-24

资源简介

肺癌骨转移转录组图谱

GSE225208 是一个聚焦肺癌骨转移的转录组分析数据集,英文标题为 Transcriptome profiling of lung cancer bone metastasis,来源为 ncbi.nlm.nih.gov,在本站归入肿瘤 / 肺癌分类。该数据集对肺癌骨转移的原发灶与转移灶进行基因表达谱分析,基于高通量测序平台 GPL24676(人类 9606)产生,共包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE225208_series_matrix.txt.gz。数据集作者为 Xiaoshen,Zhang,发布时间为 Feb 13 202。整体而言,该数据集面向肺癌骨转移的原发与转移病灶转录组比较研究,可为探索肺癌骨转移相关基因表达特征提供数据基础。

【数据集背景】

肺癌是常见的恶性肿瘤之一,骨转移是肺癌进展过程中的重要事件,涉及原发肿瘤与转移病灶之间基因表达状态的差异。该数据集以“肺癌骨转移的转录组分析”为主题,旨在通过对原发灶与转移灶的转录组进行刻画,呈现两者在基因表达层面的特征。数据集所属分类为肿瘤 / 肺癌,主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 与 9606,分别指向高通量测序表达谱分析、所用测序平台以及人类物种信息。这些信息共同界定了该数据集的研究对象与技术路线。

【数据内容】

该数据集的核心内容是肺癌骨转移相关的转录组表达谱,覆盖原发灶与转移灶两类病变样本。数据以高通量测序方式产生,最终整理为系列矩阵文件 GSE225208_series_matrix.txt.gz,文件数量为 1。该文件为 GZIP 压缩格式,通常用于承载样本层面的表达矩阵及配套的样本注释信息。数据集英文名与源站标题一致,均为 Transcriptome profiling of lung cancer bone metastasis,表明其内容定位于肺癌骨转移的转录组谱分析,而非其他类型的组学数据。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站对该数据集的描述为:对肺癌骨转移的原发与转移病灶进行转录组谱分析。数据集作者为 Xiaoshen,Zhang,发布时间为 Feb 13 202。测序数据基于 GPL24676 平台产生,物种为人类(9606)。除上述信息外,关于样本采集地点、采集时间、临床信息、测序策略细节等内容,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肺癌骨转移相关的转录组研究场景,例如比较原发灶与转移灶之间的基因表达差异、筛选与骨转移相关的候选基因或表达特征,以及作为肺癌转移研究的公共数据资源用于方法验证与结果对照。由于其主题标签指向高通量测序表达谱分析,也可用于支持基于表达谱的探索性分析。需要说明的是,具体的研究设计细节与样本构成,源站未提供,使用时应以实际数据文件内容为准。

【使用方法】

使用该数据集时,首先下载数据文件 GSE225208_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包,读取前需按相应格式进行解压或直接以支持 GZIP 的工具读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认样本标识、表达值格式及注释信息无误后,再批量接入后续分析流程。由于数据集仅包含 1 个文件,数据接入过程相对集中,但仍应注意文件内字段的组织方式,避免在批量处理时出现解析错误。

【质量与限制】

该数据集文件数量为 1,数据规模与样本构成的具体信息源站未提供。关于数据质量评估指标、测序深度、批次信息、临床随访信息以及数据完整性说明,源站未提供。因此,在使用该数据集时,应结合数据文件本身进行核查,并注意其作为公共转录组数据的固有局限。数据集发布时间为 Feb 13 202,其余版本与更新信息源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Xiaoshen,Zhang,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可条款与使用限制,源站未提供,使用者在引用或再分发数据前应自行查阅源站的相关说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE225208

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Transcriptome profiling of primary and metastatic lesions for lung cancer bone metastasis.

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