人非小细胞肺癌微环境免疫抑制图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE198099

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：肺癌是中国乃至全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一，总体五年生存率约为20%，大多数患者死于肿瘤转移。非小细胞肺癌（NSCLC）是肺癌的主要病理类型。肿瘤细胞的发育和转移受到与环境中的其他细胞相互作用的影响。探索肿瘤和肿瘤微环境的分子表达谱可以为肿瘤进展、耐药和转移的机制提供线索。单细胞核糖核酸测序（scRNA-seq）技术的出现可以在单细胞分辨率下探索不同肿瘤细胞的基因组和转录特征，从而揭示单个细胞的分子特征以及个体与环境之间的关系，从而使进一步理解NSCLC的发生和进展成为可能。

方法：采用ScRNA-seq（10X genomics）检测2例NSCLC患者的单细胞转录组，旨在更准确地探究单细胞转录组对其功能及NSCLC进展的影响，并寻找新的细胞亚型或药物治疗分子靶点。结果：对2例NSCLC患者的肿瘤组织、远端正常组织和淋巴结组织进行了分析。共分析43779个细胞，将其分类为上皮细胞、T淋巴细胞、自然杀伤细胞（NK细胞）、B淋巴细胞、髓系细胞、内皮细胞、成纤维细胞和MAST细胞。肿瘤细胞显示上皮标志物（EPCAM、KRT7、KRT8、KRT18、CDH1等）和肿瘤标志物（KRT19、ENO2、SLC25A2、UBE2C等）的特征性标记。此外，肿瘤微环境中获得性免疫被激活，而先天性免疫被耗竭。B淋巴细胞比例增加，免疫抑制性肿瘤浸润B细胞（CD19+、MS4A1+、CD69

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。