稳态与肺损伤后CD44hi AT2细胞的转录谱分析[I]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE182699

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺泡上皮由I型肺泡细胞（AT1）和II型肺泡细胞（AT2）组成，前者覆盖约95%的表面积，后者分泌表面活性物质并具有成体干细胞功能。为表征表达较高水平透明质酸受体CD44的AT2亚群（即CD44高表达或CD44hi AT2），并研究其在稳态平衡中作为肺泡上皮干细胞的行为，我们采用RNA测序技术比较了这些细胞与整体CD44低表达（或CD44lo）AT2的表达谱。与CD44lo AT2相比，CD44hi AT2显示出表明部分去分化及更高增殖潜能的基因特征。在稳态条件下，CD44hi AT2还表现出由NFκB介导的炎症反应所激活基因的更高表达，以及类似于早期Kras诱导腺癌的转录组特征。此外，这些细胞在3D肿瘤类器官培养和小鼠肺癌细胞移植模型中均对KrasG12D诱导更为敏感。总之，CD44hi AT2在肺泡上皮的稳态维持和肿瘤起始中发挥重要作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。