非小细胞肺癌中m6A RNA谱揭示CSF1R为METTL14靶点 [meRIP-seq]

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE179657

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数据说明

非小细胞肺癌（NSCLC）是一种常见的肺癌类型，以预后不良为特征。N6-甲基腺苷（m6A）成为RNA最重要的修饰之一，据报道m6A修饰酶METTL14在多种癌症类型中发挥关键作用。然而，关于METTL14在肺癌中的研究数量有限，且仍缺乏对METTL14在NSCLC中的功能、临床意义及靶点的系统性研究。在此，我们首先对非小细胞肺癌患者进行了全面的N6-甲基腺苷图谱分析，获得了非小细胞肺癌患者的m6A RNA修饰图谱及差异甲基化RNA。随后我们聚焦于RNA甲基转移酶METTL14，研究了其在NSCLC中的临床意义和功能。结果发现，METTL14与分化程度和M分期的临床病理参数相关。此外，METTL14在体外促进NSCLC生长、诱导细胞死亡，并增强细胞迁移和侵袭能力。最后，为鉴定METTL14的潜在靶点，我们进行了RNA测序、METTL14 RIP测序和METTL14 MeRIP测序。

共鉴定出5个基因，包括4个蛋白编码基因（PPIEL、AKR1C1、SARS2和CSF1R）和1个lncRNA ASAP1-IT2。经TCGA数据集验证后，集落刺激因子1受体（CSF1R）与METTL14呈显著正相关，推测其为肺癌中METTL14的靶基因。总之，本研究揭示了m6A RNA修饰图谱，并阐明了METTL14在NSCLC中的临床意义、体外功能及分子靶点CSF1R。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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