药物基因组学在难治性肺癌中的转化应用

该数据集来自 NCBI,主题为难治性肺癌的药物基因组学转化应用。研究收集患者来源的癌细胞(PDC),这些细胞可重现肺癌特征及其治疗反应;研究者采集接受多种化疗的患者癌细胞,并开展药物基因组学整合分析

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基因组预测GPL246769606
GSE165611: Translational application of pharmacogenomics for refractory lung cancer

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

药物基因组学在难治性肺癌中的转化应用

GSE165611 是一个来自 NCBI 的肺癌药物基因组学数据集,主题为“难治性肺癌的药物基因组学转化应用”。该数据集聚焦于患者来源的癌细胞(PDC),这类细胞被认为能够重现肺癌的特征及其治疗反应。研究者采集了接受多种化疗方案的患者的癌细胞,并围绕药物基因组学开展了整合分析。数据集归属于肿瘤/肺癌分类,包含 1 个文件,样例文件为 GSE165611_series_matrix.txt.gz,作者为 Ji-Youn, Han,发布时间为 Jan 27 202。整体而言,该数据集为研究难治性肺癌的化疗反应与药物基因组学关联提供了可用的表达谱资源。

【数据集背景】

该数据集的主题为难治性肺癌的药物基因组学转化应用。难治性肺癌通常对常规治疗反应有限,因此研究者关注患者来源的癌细胞(PDC)在再现肺癌特征及其治疗反应方面的价值。通过收集接受多种化疗的患者的癌细胞,并开展药物基因组学整合分析,该研究试图在转化应用层面建立药物基因组学与肺癌治疗反应之间的联系。数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,本站分类为肿瘤 / 肺癌,主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 和 9606。

【数据内容】

该数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE165611_series_matrix.txt.gz。文件以 GZIP 压缩包形式提供。主题标签表明其数据属于高通量测序的表达谱分析,涉及平台 GPL24676 和物种编号 9606。源站描述指出,患者来源的癌细胞(PDC)可重现肺癌特征及其治疗反应,研究者采集接受多种化疗的患者的癌细胞,并进行了药物基因组学整合分析。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、基因数量、具体化疗药物种类或分析结果的更多细节。

【采集与来源】

数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Ji-Youn, Han,发布时间为 Jan 27 202。源站描述说明,研究收集了患者来源的癌细胞(PDC),这些细胞来自接受多种化疗的患者,并用于药物基因组学整合分析。关于患者招募标准、样本采集地点、伦理审批信息、化疗方案的具体组成等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于难治性肺癌药物基因组学相关的研究场景,尤其是围绕患者来源的癌细胞(PDC)开展的治疗反应与表达谱整合分析。由于主题标签涉及高通量测序表达谱,可将其用于表达 profiling 相关的探索。具体适用场景的边界、可支持的统计方法或可回答的生物学问题,源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时,可下载数据文件 GSE165611_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包,应按其文件格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入。关于读取工具、预处理步骤、标准化方法或下游分析流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的文件数量为 1,文件样例为 GSE165611_series_matrix.txt.gz。关于数据质量评估、批次效应、样本代表性、缺失值情况或技术偏差等,源站未提供。由于源站描述仅提及患者来源的癌细胞可重现肺癌特征及其治疗反应,并进行了药物基因组学整合分析,未给出具体质量指标或限制说明,因此无法进一步判断其质量与限制。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Ji-Youn, Han,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可条款、使用限制或数据共享政策,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE165611

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

患者来源细胞(PDC)能够重现肺癌的特征及其治疗反应。我们收集了接受各种化疗的患者的癌细胞,并进行了药物基因组学的综合分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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