带合成sequin对照的人肺癌细胞系转录组分析
研究目的是利用合成sequin对照和肺癌细胞系构建转录组数据分析流程并测试其性能，数据基于高通量测序表达谱，涉及人类（9606）样本和GPL18573平台
基本信息
资源简介
带合成sequin对照的人肺癌细胞系转录组分析
Transcriptome profiling of human lung cancer cell lines with synthetic "sequin" controls
该数据集来自NCBI GEO，标题为“Transcriptome profiling of human lung cancer cell lines with synthetic 'sequin' controls”，包含1个文件（GSE164598_series_matrix.txt.gz），属于肿瘤/肺癌分类。研究目的是利用合成sequin对照和肺癌细胞系构建转录组数据分析流程并测试其性能，数据基于高通量测序表达谱，涉及人类（9606）样本和GPL18573平台。可用于评估转录组分析流程的性能及肺癌细胞系的表达特征研究（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Jan 11 202。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：目的：本研究旨在利用合成“sequins”对照和肺癌细胞系构建转录组数据分析流程并测试其性能。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：GPL18573、9606。本站分类：肿瘤/肺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE164598
【使用注意】
· 源站最后修改于 Jun 28 202，引用时请注意版本时效。
下载信息
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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE164598
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：本研究旨在建立转录组数据分析流程，并利用人工“sequins”对照品和肺癌细胞系检测其性能。方法——细胞培养：肺腺癌细胞系NCI-H1975和HCC827（传代范围2-4代）在3个不同时间点培养于含10%胎牛血清和1%青霉素-链霉素的Roswell Park Memorial Institute（RPMI）1640培养基中。方法——RNA制备：使用TRIzol试剂提取总RNA。将6 ng sequins加入1 μg总RNA中（mix A与H1975，mix B与HCC827）。方法——文库制备：按照制造商说明，对sequin+总RNA混合物进行polyA选择（NEBNext PolyA E7490）和文库制备（NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina）；我们进行了9个PCR循环。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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