单细胞图谱鉴定健康与恶性乳腺中的脂质加工和免疫调节内皮细胞

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE155109

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由于缺乏对乳腺癌（BC）中内皮细胞（EC）异质性的详细目录，我们对来自9名BC患者的26，515个细胞（包括8，433个ECs）进行了单细胞RNA测序，并将其与已发表的肺癌EC分类进行了比较。血管生成性ECs在表型上相似，而其他EC亚型则不同。预测性相互作用组分析揭示了ECs与免疫细胞之间已知但此前未报道的受体-配体相互作用，提示乳腺EC亚型参与免疫反应。我们还发现了一种毛细血管EC亚型（LIPEC（脂质处理EC）），其表达受PPAR-γ调控的参与脂质处理的基因，并且在肿瘤周围乳腺组织中更为丰富。对4，648名BC患者的回顾性分析显示，二甲双胍（一种间接PPAR-γ激动剂）治疗提供了持久的临床益处，并与LIPEC丰度呈正相关。我们的发现值得进一步探索这种LIPEC/PPAR-γ联系在BC治疗中的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。