人肺癌空间离散信号生态位调控成纤维细胞异质性单细胞RNA测序数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE153935

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

成纤维细胞是功能异质性的细胞，能够促进和抑制肿瘤进展。在不同癌症类型中，这种表型多样性的程度和原因仍不清楚。我们采用单细胞RNA测序和多重免疫组化技术，检测了人肺及非小细胞肺癌（NSCLC）样本中的成纤维细胞异质性。由此鉴定出七个成纤维细胞亚群：包括炎性成纤维细胞和肌成纤维细胞（代表终末分化状态）、静息成纤维细胞、原肌成纤维细胞（2个亚群）和原炎性成纤维细胞（2个亚群）。成纤维细胞亚群在组织中分布各异，但聚集于与分化状态相关的特定微环境。生物信息学分析提示TGF-β1和IL-1分别作为肌成纤维细胞分化和炎性分化的关键调控因子。然而，体外分析显示，尽管TGF-β1刺激联合组织张力增加可诱导肌成纤维细胞标志物表达，但未能完全重现离体表型。同样，IL-1β处理仅诱导部分炎性成纤维细胞标志基因的上调。

配体-受体信号的计算机模拟识别出了可能参与成纤维细胞活化的其他通路和细胞相互作用，这凸显了IL-11和IL-6（以及其他配体）分别在肌成纤维细胞和炎症性成纤维细胞活化中的潜在作用。该分析为NSCLC中的成纤维细胞亚型和分化机制提供了有价值的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。