GSE12472：鳞状细胞肺癌中COPD相关基因表达特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE12472

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性阻塞性肺疾病（COPD）与鳞状细胞肺癌（SCC）均为吸烟相关性疾病。值得注意的是，COPD本身即是SCC的一个危险因素，且这一关联独立于吸烟史。基于此认识推断，可以合理假设COPD患者在正常支气管上皮及SCC中可能具有不同的基因表达谱。为验证这一假设，我们比较了伴有和不伴有COPD患者的支气管上皮及SCC中的基因表达谱。采用全人类基因组寡核苷酸微阵列技术，对28例激光显微切割的组织学正常支气管上皮样本（10例无COPD，18例伴COPD）及35例激光显微切割的SCC样本（17例无COPD，18例伴COPD）进行了基因表达谱分析。我们发现，伴有和不伴有COPD患者的正常支气管上皮之间基因表达水平无显著差异。值得注意的是，在伴有或不伴有COPD患者获得的SCC中，有374个基因存在差异表达；其中295个基因在伴COPD患者的SCC中表达水平较高，79个基因在不伴COPD患者的SCC中表达水平较高。

与线粒体定位相关的基因（n=44）以及位于染色体5q臂上的基因（n=34）显著过度表达。在这两个类别中，所有基因在COPD患者的SCC中表达水平均高于非COPD患者。总之，COPD患者的SCC显示出与非COPD患者的SCC不同的基因表达谱。这表明COPD相关因素影响了SCC的基因表达特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。