当前吸烟特异性基因表达特征在支气管上皮中于鳞状细胞肺癌增强

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE12428

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

吸烟是肺鳞状细胞癌（SCC）发生的主要风险因素。然而，SCC中与吸烟相关的分子变化尚未得到研究。我们旨在识别组织学正常的支气管上皮和SCC样本中，在当前吸烟者和戒烟者之间差异表达的基因。此外，还分析了正常支气管上皮中已识别的吸烟相关基因水平与SCC中相应水平的关系。利用Agilent全人类基因组微阵列，对28例激光显微切割的正常支气管上皮样本和35例激光显微切割的当前吸烟者及戒烟者的SCC样本进行了基因表达谱分析。在当前吸烟者与戒烟者的正常支气管上皮之间，有246个基因的表达水平存在显著差异，这些基因主要与氧化应激反应相关。在SCC样本中，未发现与吸烟状态显著相关的差异。对当前吸烟者和戒烟者SCC中这246个吸烟特异性基因的分析也未显示差异。下一步，我们将戒烟者和当前吸烟者正常支气管上皮中的吸烟特异性基因特征水平与所有34例SCC样本进行了比较。

与当前吸烟者相比，22%的上调基因在SCC中进一步上调。与当前吸烟者的支气管上皮相比，79%的下调基因在SCC中的表达进一步降低。下调基因中包括若干抑癌基因。本研究表明，当前吸烟者正常支气管上皮中上调的基因在SCC样本中以相似水平表达，而下调基因的水平在SCC中显著进一步降低。这表明这些下调基因在SCC的肿瘤发生中发挥作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。