GSE123405：人小气道上皮肺病相关基因细胞特异性表达的单细胞RNA测序鉴定

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE123405

标准获取流程：

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数据说明

人小气道上皮（SAE）在大多数慢性遗传性和获得性肺部疾病发病机制的早期事件中发挥核心作用。目前对构成SAE的特定细胞群的分子表型以及特定细胞群在人类疾病发病机制中的作用知之甚少。与遗传性肺部疾病发病机制相关的基因、与慢性阻塞性肺疾病（COPD）和特发性肺纤维化（IPF）风险相关的基因以及肺癌的（非突变）驱动基因存在细胞类型特异性表达。一些意外的观察结果包括：离子细胞中CFTR（囊性纤维化）以及SCNN1A和B（支气管扩张）高表达，肥大细胞中DTNBP1（Hermansky-Pudlak综合征）高表达，神经内分泌细胞中FAM13A（COPD）高表达，肥大细胞中RIN3（COPD）高表达，神经内分泌细胞中NSPA1L（IPF）高表达，以及多种肺癌相关基因在不同细胞类型中表达，这些基因若发生突变则成为驱动基因。吸烟显著改变了不同细胞群的细胞特异性转录组。

许多与遗传性和获得性疾病相关的基因表现出由吸烟引起的细胞特异性调节，包括MUC5B（IPF）在中间细胞、棒状细胞和产黏液细胞中的特异性下调，以及SFTPB（表面活性物质缺乏）在离子细胞中的上调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。