肺富集p53突变体V157F与R158L/P调控肺癌新转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE120534

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数据说明

肺癌是美国癌症相关死亡的主要原因，而抑癌基因TP53的变异是所有组织学亚型肺癌中最常见的体细胞突变。TP53突变通常导致产生的蛋白质不仅丧失抑癌能力，还获得致癌功能（GOF）。例如，经典的p53热点突变体R175H和R273H在突变型p53的小鼠模型中赋予肿瘤转移表型。据我们所知，较少研究的V157、R158和A159突变体——相较于其他实体瘤，这些突变在肺癌中的发生率更高——其GOF表型尚未明确。本研究旨在确定这些肺突变体是否仅等同于p53基因座的完全缺失，还是额外获得了驱动新的下游效应通路的能力。利用公开可用的人类肺癌数据集，我们对携带V157、R158和A159 p53突变的患者进行了特征分析。此外，我们在此展示，携带p53-V157F、p53-R158L和p53-R158P突变的细胞系表现出经典野生型p53靶基因表达的缺失。

此外，这些在肺组织中富集的p53突变体调控着先前未与p53功能关联的基因，包括PLAU。矛盾的是，突变型p53抑制与细胞存活率增加、迁移和侵袭相关的基因。这些发现共同首次证明，在人类肺癌细胞中，V157和R158位点的肺富集p53突变调控了一个新的转录组，并可能赋予新的功能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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