EGCG处理非小细胞肺癌相关特征miRNA表达分析：NGS新miRNA序列检测

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE110514

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们探讨了表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG，绿茶的一种活性衍生物）对NSCLCs（A549）细胞中miRNA表达及细胞周期增殖的调节作用。由于EGCG的IC50值约为304 μM，我们的研究支持A549肺癌细胞对EGCG的耐药性。此外，有趣的是，在40 μM EGCG处理下观察到其具有G0/G1细胞周期阻滞活性。因此，在本研究中，采用下一代测序（NGS）研究癌症对照样本与EGCG处理样本之间的miRNA表达。A549细胞分别用40 μM和100 μM EGCG处理。采用NGS研究新型和已知miRNA的差异表达。通过计算方法对生成的数据进行分析，以研究和关联已知miRNA和新型miRNA的表达谱。在对照样本和EGCG处理样本之间观察到已知miRNA的差异表达。本研究还观察到一些推测的新型miRNA序列。通过计数给定数据集中的reads数量，估算了推测新型miRNA序列的差异表达水平。

综合分析这些miRNA表达谱，揭示了表达水平的log2倍数变化。我们在对照组、40 μM EGCG处理组和100 μM EGCG处理组中分别检测到344、337和346个已知成熟miRNA。我们还分别报道了对照组、40 μM EGCG处理组和100 μM EGCG处理组中119、126和125个推测的新型成熟miRNA序列。总之，分析表明EGCG积极参NSCLC中的miRNA调控，这进一步证实了其化学预防作用，并可能在治疗应用中发挥重要作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。