肺癌患者血浆游离DNA全基因组甲基化MeDIP-seq图谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-7163

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

作为一种无创血液检测，血浆中游离DNA（cfDNA）甲基化的检测因其在诊断和生物学中的应用而日益受到关注。尽管亚硫酸氢盐测序广泛用于cfDNA甲基化分析，但其成本效益较低。通过用MeDIP富集甲基化cfDNA片段并进行深度测序，我们旨在表征癌症患者中的cfDNA甲基化组。在本研究中，我们通过MeDIP-seq研究了肺癌患者的cfDNA甲基化模式。使用MEDIPS软件包鉴定患者与正常者之间的差异甲基化区域（DMRs）。总体而言，通过比较肺癌患者和作为对照的健康个体，我们在基因启动子区域鉴定了330个差异甲基化区域（DMRs），其中分别有33个高甲基化区域和297个低甲基化区域。这33个高甲基化区域代表32个基因。其中一些基因此前已被报道与肺癌相关，如GAS7、AQP10、HLF、CHRNA9和HOPX。总之，我们的研究为肺癌患者的cfDNA甲基化分析提供了一种具有潜在临床应用价值的替代方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。