肺癌A549细胞中Oct4全基因组结合图谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-58462

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Oct4干性基因编码一种转录因子，已被证实在癌症中过表达。然而，Oct4与导致体细胞癌症进展的转录重编程相关的精确机制仍不清楚。为探讨肺癌中Oct4介导的转录程序，我们整合了来自染色质免疫沉淀测序和ENCODE数据集的全基因组Oct4结合谱。我们发现Oct4占据在参与肿瘤发生的若干信号通路中起关键作用的基因的功能性启动子和增强子区域。通过对载体对照和稳定过表达Oct4的A549肺癌细胞进行染色质免疫沉淀测序分析，鉴定了全基因组Oct4结合位点。ChIP-seq分析在重复样本中使用Applied Biosystems SOLiD系统进行。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。