非小细胞肺癌患者全基因组CpG岛甲基化分析 [Affymetrix表达数据]

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-32496

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

表观遗传改变在很大程度上促进了癌细胞中基因表达的调控。DNA甲基化是表观遗传基因调控复合体的一部分，与癌症的发病机制相关。我们通过结合甲基化DNA免疫沉淀和微阵列分析，使用NimbleGenM-BM-4s 385K人类CpG岛加启动子阵列，对101例I-III期非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤及相应非恶性肺组织样本进行了全基因组甲基化CpG岛的搜索。通过检测肿瘤与相应非恶性肺组织之间的甲基化差异，我们鉴定了298个肿瘤特异性甲基化基因。其中许多基因的表观遗传调控此前尚不清楚。基因本体分析显示，参与基因表达调控和细胞黏附的基因过度呈现。通过Affymetrix微阵列分析，在3种NSCLC细胞系经5-aza-2M-BM-4-脱氧胞苷（Aza-dC）和/或曲古抑菌素A（TSA）处理后，发现298个基因中有182个基因的表达上调。

此外，通过甲基化敏感性高分辨率熔解分析（MS-HRM）对原发性非小细胞肺癌（NSCLC）及相应非恶性肺组织样本中选定基因的甲基化进行了分析。MS-HRM分析获得的结果证实了MeDIP-chip分析所得数据。进一步，通过将MeDIP-chip分析的甲基化结果与患者的临床病理参数进行比较，我们观察到HOXA2的甲基化可能是NSCLC患者无病生存期缩短的潜在指标。总之，采用全基因组方法，我们在NSCLC患者中鉴定出大量肿瘤特异性甲基化基因。我们的结果强调了DNA甲基化在NSCLC发病机制中的重要性。总体而言，3个未经处理、经Aza-dC处理及经Aza-dC/TSA处理的NSCLC细胞系样本被杂交至Affymetrix HG-U133_plus_2.0微阵列（共计18个）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。