人小细胞肺癌中H3K27me3修饰介导的基因抑制

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-43346

标准获取流程：

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小细胞肺癌（SCLC）是一种预后较差的肺癌亚型，因其早期播散和快速生长而著称。我们在此分析了23例临床SCLC样本的基因表达谱。与包括正常肺组织在内的42种正常组织相比，发现EZH2在SCLC样本中高表达，同时PRC2的其他成员SUZ12和EED也在SCLC中高表达。为了获取SCLC中PRC2的靶基因，我们在三种SCLC细胞系Lu130、H209和DMS53中绘制了H3K27me3标记，并与正常小气道上皮细胞（SAEC）进行了比较。SAEC中的H3K27me3(+)基因与胚胎干细胞中的PRC靶基因显著重叠（P=1.7x10^-31），而SCLC细胞系中有H3K27me3标记但在SAEC中没有的基因，与胚胎干细胞中的PRC靶基因并未显著重叠（P=0.64）。这些仅在SCLC细胞系中而不在SAEC中带有H3K27me3标记的基因，不仅在SCLC细胞系中表达下降，在临床SCLC样本中亦是如此，并且这些基因在质膜（P=8.1x10^-21）和细胞粘附（P=1.7x10^-8）等GO术语上显示出富集。

JUB基因在三株SCLC细胞系中表现出特异性H3K27me3修饰及最强的抑制效应，将其导入DMS53细胞后导致细胞生长受抑。在临床SCLC病例中，JUB低表达与较短生存期相关（P=0.002），或一组PRC靶基因（JUB、EPHB4）及经典型SCLC标志基因（GRP、ASCL1）与较短生存期相关（P=0.0001），并将SCLC分为预后显著不同的两组。使用PRC2抑制剂3-Deazaneplanocin A处理SCLC细胞系时，其生长受到抑制。这表明SCLC中PRC2的高表达导致包括胚胎干细胞中非PRC靶基因在内的基因受到抑制，且这种基因抑制可能在SCLC的发生中起作用。通过A分析了23例临床SCLC样本、42例正常组织样本、3株小细胞肺癌（SCLC）细胞系及正常小气道上皮细胞（SAEC）中的基因表达

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。