转移性肺癌细胞系的基因表达谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-49315

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在恶性疾病进展过程中，上皮性肿瘤的细胞外基质（ECM）会在胶原纤维间累积分子间交联；这些交联增强了ECM的硬度，并触发肿瘤细胞的侵袭和播散，但调控肿瘤内胶原成熟的机制尚未完全明确。利用一种由突变K-ras表达和Cdkn1a失活驱动的新型转移性肺腺癌小鼠模型，我们发现肿瘤细胞侵袭和转移是由赖氨酰羟化酶2（LH2）的高表达驱动的，该酶能羟化胶原上的端粒赖氨酸（Lys）残基。我们将KrasLA1小鼠与Cdkn1a-/-小鼠进行杂交繁殖。KrasLA1小鼠由于体细胞激活的K-rasG12D等位基因表达，在8-10月龄时发生非转移性肺腺癌；Cdkn1a-/-小鼠由于p21缺失，发生肉瘤和B细胞淋巴瘤。我们构建了携带两种突变等位基因均无、仅有其一或两者皆有的队列。p21缺陷的KrasLA1小鼠（KC小鼠）的平均死亡时间短于p21充足的小鼠。

我们从肿瘤中建立了细胞系，并将高转移性肿瘤的细胞系与低转移性肿瘤的细胞系进行了比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。