慢性阻塞性肺疾病与肺癌患者肺组织基因表达谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-8500

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性阻塞性肺疾病是一种常见且致残的肺部疾病，目前可用的治疗选择极为有限。我们推测，对COPD肺部进行全局基因表达谱分析可能揭示出以往未识别的疾病通路，为潜在的治疗干预提供线索。研究样本来自48例因小周围型肺病灶而切除的肺或肺叶组织（包括5名非吸烟者、21名GOLD 0级、9名GOLD 1级、10名GOLD 2级和3名GOLD 3级患者）。使用Agilent的功能ID v2.0芯片对标本中的mRNA进行了表达谱分析，该芯片包含23,720个序列。对标本的定量形态学分析显示，样本中气道、血管和实质的比例存在差异。将这些数据纳入一个模型，该模型关联了基因表达与预测的25%至75%用力呼气流量占用力呼气容积百分比（FEF 25-75% P），揭示出一组由203个转录本组成的特征基因集。上调基因中包括参与细胞外基质合成/降解、氧化应激和细胞增殖的基因，而下调基因则涉及尼古丁代谢、弹性纤维稳态和抗炎反应。

免疫组化证实肺泡巨噬细胞和小气道上皮细胞表达尿激酶（PLAU）、尿激酶受体（PLAUR）和血小板反应蛋白（THBS1）。该通路中的基因已被证明参与转化生长因子β-1（TGF?1）和基质金属蛋白酶（MMP）的激活，并受到丝氨酸蛋白酶抑制剂E2的抑制。有趣的是，TGF?1和丝氨酸蛋白酶抑制剂E2均已被确定为COPD遗传连锁和关联研究中的候选基因。因此，这些结果为这两种强大的方法之间提供了可能的联系，以识别潜在的治疗靶点。（255字）从因小外周肺病变切除的肺或肺叶中获取了48份人肺样本（5名非吸烟者、21名GOLD 0、9名GOLD 1、10名GOLD 2和3名GOLD 3患者）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。